При Минералогическом обществе созданы и активно работают 14 научных комиссий  – по космической минералогии, рудной минералогии, минералогии месторождений камнесамоцветного сырья и геммологии, технологической минералогии, кристаллогенезису, кристаллохимии и рентгенографии минералов, истории, экологической минералогии и геохимии, экспериментальной минералогии, преподаванию минералогии в высшей школе, музеям, органической минералогии, физическим методам исследования минералов, новым минералам и названиям минералов. Последняя из перечисленный комиссий защищает приоритет российских ученых в открытии новых минералов. Создана также рабочая группа по современному минералообразованию.